Sesuai dengan Peraturan Gubernur Nomor 96 Tahun 2021 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi dan Tata Kerja, Sekretariat Badan Kepegawaian Daerah DIY mempunyai fungsi:

1. penyusunan program kerja Sekretariat;
2. perumusan kebijakan teknis kesekretariatan;
3. penyusunan program Badan;
4. pengelolaan keuangan Badan;
5. penyelenggaraan kepegawaian Badan:
6. penyelenggaraan kerumahtanggaan,  pengelolaan barang, kepustakaan, kearsipan kehumasan dan ketatalaksanaan Badan;
7. pelaksanaan program administrasi perkantoran;
8. pengelolaan data dan  pengembangan  sistem informasi;
9. fasilitasi kesekretariatan  Dewan  Pengurus  Korps Pegawai Negeri Republik Indonesia /Korps Profesi Pegawai ASN DIY;
10. pemantauan     dan     evaluasi     program     serta penyusunan laporan kinerja Badan;
11. fasilitasi pelaksanaan      koordinasi      dan pengembangan kerjasama teknis;
12. pelaksanaan  dekonsentrasi       dan       tugas pembantuan;
13. pemantauan, evaluasi, dan  penyusunan laporan program Sekretariat; dan
14. pelaksanaan tugas lain yang diberikan oleh atasan sesuai tugas dan fungsi Badan.

• Subbagian Umum
• Subbagian Keuangan
• Kelompok Substansi Program

1. penyusunan program kerja Bidang Perencanaan Pengadaan dan Sistem Informasi Pegawai;
2. penyiapan bahan rumusan kebijakan teknis penyusunan kebutuhan, pengadaan, dan pengelolaan sistem informasi pegawai;
3. penyelenggaraan program perencanaan, pengadaanpegawai, dan pengelolaan sistem informasi pegawai;
4. penyusunan formasi pegawai;
5. penyelenggaraan pengadaan ASN;
6. pengoordinasian pengadaan pegawai kabupaten/kota;
7. penyelenggaraan administrasi pegawai tidak tetap;
8. pengelolaan database kepegawaian;
9. pengembangan dan pengelolaan Sistem Informasi Pegawai;
10. pelaksanaan dekonsentrasi dan tugas pembantuan;
11. pemantauan, evaluasi, dan penyusunan laporan program Bidang Perencanaan Pengadaan dan Sistem Informasi Pegawai; dan
12. pelaksanaan tugas lain yang diberikan oleh atasansesuai dengan tugas dan fungsi Badan.

• Kelompok Substansi Perencanaan dan Pengadaan Pegawai
• Kelompok Substansi Sistem Informasi Pegawai 

Bidang Pengembangan Pegawai mempunyai fungsi:

1. penyusunan program kerja Bidang Pengembangan Pegawai;
2. penyiapan bahan rumusan kebijakan teknis Bidang Pengembangan Pegawai;
3. penyelenggaraan program peningkatan kualitas sumber daya manusia dan pengembangan karier pegawai;
4. pengoordinasian kebijakan pengembangan karier, pengembangan kompetensi, promosi, dan mutasi ASN;
5. pengoordinasian penyiapan bahan kebijakan teknis pengembangan karier, pengembangan kompetensi, promosi, dan mutasi ASN;
6. fasilitasi dan pelaksanaan pengembangan karier, pengembangan kompetensi, promosi, dan mutasi ASN;
7. fasilitasi pengembangan karier ASN Kabupaten/Kota;
8. pelaksanaan dekonsentrasi dan tugas pembantuan;
9. pemantauan, evaluasi, dan penyusunan laporan Bidang Pengembangan Pegawai; dan
10. pelaksanaan tugas lain yang diberikan oleh atasan sesuai dengan tugas dan fungsi Badan.

• Kelompok Substansi Pengembangan Kompetensi
• Kelompok Substansi Mutasi Jabatan

1. penyusunan program kerja Bidang Kedudukan Hukum dan Kesejahteraan Pegawai;
2. penyiapan bahan rumusan kebijakan teknis peningkatan kesejahteraan ASN dan Tenaga Bantu;
3. pengoordinasian penyiapan bahan kebijakan teknis kedudukan hukum, dan kesejahteraan ASN serta Tenaga Bantu;
4. penyelenggaraan program pembinaan kedudukan hukum dan kesejahteraan pegawai;
5. pengoordinasian, pembinaan, dan pemeliharaan kesehatan jasmani dan rohani ASN;
6. pengoordinasian penjatuhan hukuman disiplin ASN dan Tenaga Bantu;
7. pengoordinasian penetapan kedudukan hukum ASN dan Tenaga Bantu;
8. perlindungan bagi ASN;
9. pengoordinasian penyelesaian Laporan Harta Kekayaan Penyelenggara Negara (LHKPN);
10. pengoordinasian pemberian penghargaan kepada ASN;
11. pengoordinasian analisis kesenjangan kinerja;
12. pengoordinasian penilaian kinerja ASN;
13. pengoordinasian pemberian kesejahteraan ASN dan Tenaga Bantu;
14. pelaksanaan dekonsentrasi dan tugas pembantuan;
15. pemantauan, evaluasi, dan penyusunan laporan program Bidang Kedudukan Hukum dan Kesejahteraan; dan
16. pelaksanaan tugas lain yang diberikan oleh atasan sesuai dengan tugas dan fungsi Badan.

• Kelompok Substansi Kedudukan Hukum Pegawai
• Kelompok Substansi Kesejahteraan Pegawai

Bidang Tata Usaha Kepegawaian mempunyai fungsi:

1. penyusunan program kerja Bidang Tata Usaha Kepegawaian;
2. penyiapan bahan rumusan kebijakan teknis Bidang Tata Usaha Kepegawaian;
3. penyelenggaraan program peningkatan penatausahaan kepegawaian;
4. pengoordinasian penyusunan kebijakan teknis pengelolaan mutu layanan,    dokumentasi, kepangkatan, dan pensiun;
5. penyelenggaraan pengelolaan mutu layanan, dokumentasi, kepangkatan, dan pensiun;
6. pengoordinasian pengembangan mutu layanan;
7. fasilitasi dan pengelolaan kepangkatan kabupaten/kota;
8. pelaksanaan dekonsentrasi dan tugas pembantuan;
9. pemantauan, evaluasi,  dan  penyusunan  laporan program Bidang Tata Usaha Kepegawaian; dan
10. pelaksanaan tugas lain yang diberikan oleh atasan sesuai dengan tugas dan fungsi Badan.

• Kelompok Substansi Pengelolaan Mutu dan Dokumentasi
• Kelompok Substansi Kepangkatan dan Pensiun