Berdasarkan Peraturan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 96 Tahun 2021 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi, dan Tata Kerja Badan Kepegawaian Daerah, maka struktur organisasi Badan Kepegawaian Daerah DIY adalah sebagai berikut: