Berdasarkan Peraturan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 10 Tahun 2020 tentang Perubahan Atas Peraturan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 77 tahun 2018 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi, dan Tata Kerja Badan Kepegawaian Daerah, maka struktur organisasi Badan Kepegawaian Daerah DIY adalah sebagai berikut:
