Berdasarkan Peraturan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 101 Tahun 2022 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi, dan Tata Kerja Badan Kepegawaian Daerah, maka struktur organisasi Badan Kepegawaian Daerah DIY adalah sebagai berikut: